新兴县环境保护局设5个内设机构：

    （一）办公室。

组织协调机关日常工作。负责机关的文电、秘书、保卫、保密、档案、政务信息、督查、督办等行政事务性工作；负责综合性会议的组织工作；负责局机关及指导直属单位的人事、机构编制、劳资、计划生育等工作；规划与组织指导环境保护系统在职人员的岗位培训和继续教育工作；负责机关财务工作；负责机关的思想政治工作和监察、纪检、党群、审计工作；承办县环境保护委员会办公室日常工作。

（二）政策法规股。

负责环境保护规范性文件的草拟、修改、审核和上报工作，对本局重要发文进行法律、法规方面的审核把关；负责环保宣传教育和环保普法，组织环保执法人员的法规培训和考核领证工作，组织环保执法检查和重大环境政策的调研和拟定；负责管理依法行政和执法责任制工作；负责组织行政处罚、听证和行政应诉工作；组织、协调办理人大和政协的议案、建议、提案。

（三）规划科技股（挂污染物排放总量控制股牌子）。

负责拟订并组织实施全县环境保护规划和计划，参与主体功能区的划定和管理工作；负责组织国家、省、市环境保护专项资金的申请和管理工作，会同有关部门制定县级环境保护专项资金使用计划并实施监督管理；承担环境保护科技工作，参与指导和推动环境保护产业发展；监督实施国家和地方环境标准；综合管理全县自然生态环境保护和农村环境保护；组织编制生态保护规划；组织开展全县生态状况评估和生物多样性保护、生物遗传资源、农村生态环境保护工作；指导生态示范创建及农村环境综合整治工作；会同有关部门开展强制性清洁生产审核工作；参与指导和推动环境保护产业发展。

拟订全县主要污染物排放总量控制并组织实施；提出总量控制计划，承担总量减排的调度、督查、督办、核查及考核工作；拟订并组织实施全县污染减排规划；组织实施环境统计和污染源普查工作；负责全县环境保护统计信息和环境信息管理，组织建设和管理环境监测网和信息网；组织编制环境保护任期目标和任务，检查、指导、协调县直有关行业环境保护责任目标任务的开展和完成情况；协助实施西江综合整治和考核工作。

(四)监督管理股。

承担权限内的环境影响评价管理工作，按管理权限审批建设项目环境影响评价文件；对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地区，承担暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目的环境影响评价文件的工作；组织实施建设项目环境保护“三同时”、竣工验收等工作；组织实施排污申报登记和排污许可证制度工作；监督饮用水水源地环境保护工作；监督管理全县大气、水体、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车、辐射环境及核技术应用的污染防治工作；负责辐射事故的调查处理；组织制定并实施本县核应急预案；审查民用核设施、核事故预防方案并督促检查落实；承担核事故预防和应急工作，参与反生化、反核和辐射恐怖袭击工作。

（五）环境监察股（挂县环境保护局环境监察分局牌子）。

实施全县环境保护综合行政执法工作；监督检查环境保护法律、法规、标准的执行情况；组织协调全县突发环境事件的应急工作和调查处理；负责调查处理辖区内环境污染事故和纠纷；监督检查建设项目执行环境影响评价制度和“三同时”制度情况、污染治理设施运行情况以及限期治理项目任务完成情况；负责全县排污申报核定以及排污费征收管理工作并进行稽查；承办环境信访案件的调查处理；实施行政处罚。